شكل ذلك خطوة لإعادة تنظيم الجماعات الإسلامية ومأسستها ومن أهم تلك الجماعات الإسلامية:

1. جماعة نصر الإسلام التي أسسها الحاج «أحمد بيلّو» بمساندة أمراء الشمال النيجيري ووجهائهم. وبعد مقتل أحمد بيلو ونهاية الحرب الأهلية عام 1970، أعيد تنظيم الجماعة وتفعيل أنشطتها وتوحيد الجمعيات الإسلامية في نيجيريا، وهو ما أسفر بالفعل عن إنشاء "المجلس النيجيري الأعلى للشؤون الإسلامية" عام 1974 .
2. المجلس النيجيري الأعلى للشؤون الإسلامية الذي تأسس في عام 1974م بهدف حماية المصالح الإسلامية في سائر أنحاء نيجيريا، وكذا القيام بمهمة الاتصال بالحكومة النيجيرية فيما يتعلق بالشؤون الإسلامية، وتشجيع إنشاء مؤسسات تعليم الدين والثقافة الإسلامية واللغة العربية، ودعم وإدارة المساجد وبنائها في مختلف أنحاء نيجيريا، وكذا ضمان مراعاة الشعائر والأعياد الإسلامية في جميع أنحاء نيجيريا.
3. الحركة الإسلامية وتأسست في أواخر على يد الشيخ إبراهيم يعقوب الزكزاكي، وبدأت كحركة شبابية دينية داخل المؤسسات التعليمية والأكاديمية في نيجيريا عبراتحاد الطلاب المسلمين، وما لبثت أن انتقلت هذه الحركة في مطلع الثمانينيات إلى الأوساط الشعبية لتلقى قبولاً واسعاً.
4. جماعة إزالة البدعة وإقامة السنّة، والتي تأسست على يد إسماعيل إدريس عام 1978م، فهي حركة من أصحاب النهج السلفي.
5. جمعية الطلبة المسلمين وهي حركة طلابية تنتشر بين طلاب التعليم العالي في شمال نيجيريا، وتدعو إلى الالتزام بتعاليم الإسلام في جميع مناحي الحياة.
6. جماعة تعاون المسلمين وأمينها العالم هو الشيخ داوود عمران ملاسا وهي من الجماعات الإسلامية الداعمة للقضية الفلسطينية على شاكلة الحركة الإسلامية.
7. جمعية تضامن المسلمين.
8. جماعة التجديد الإسلامي.
9. جماعة الأمة.
10. جماعة الوحدة الإسلامية.
11. مجلس أهل السنة والجماعة.
12. جمعية الأخوة الإسلامية الشيعية.

واقع الحركات الإسلامية في نيجريا

تذكر إحصاءات محلية أن ما يقرب من 75% من المسلمين في نيجيريا هم أمّيون، وذلك بسبب غياب الإعلام الإسلامي، حتى إن الحركات الإسلامية كلها ليس لها وجود إعلامي سياسي واسع، وتقتصر نشاطاتها على المدارس والمساجد فقط، باستثناء القليل منها، مثل جماعة تعاون المسلمين والتي أسست مركزاً إعلامياً في ديسمبر عام 2005م باسم "مركز القدس الإسلامي للإعلام"، والحركة الإسلامية التي تدعم قضايا العالم الإسلامي رغم التضييق الذي تتعرض له من قبل السلطات العسكرية.

إضافة إلى وضعية المدارس العربية في نيجيريا، فهي غير معتمدة حكومياً، وهو ما ينعكس على وضعية المسلمين الاقتصادية والسياسية في الجهاز الحكومي للدولة.

ويشكل عامل بروز التيار التكفيري المتمثل بجماعة بوكو حرام تهديداً لمستقبل المسلمين في هذا البلد الذي يعد الخامس إسلامياً من حيث تعداد السكان.

في المقابل هناك تنام كبير لنشاطات الجمعيات التبشيرية المسيحية بشكل ممنهج ومنظم، والتي تتجاوز عددها مائة منظمة وجمعية خاصة.

الميول السياسي للجماعات الإسلامية في نيجيريا

نتيجة النظام الفيدرالي وتطبيق الشريعة الإسلامية بشكل رسمي في الولايات الشمالية، ظهرت مؤسسات إسلامية معترف بها من قبل الدولة النيجرية ولها تأثير واسع في مناطقها، وانعكس ذلك على الواقع السياسي.

إلا أن ذلك لا يعني عدم وجود صدام بين الدولة النيجيرية والقوى الإسلامية في ظل ظهور تيارات تكفيرية على رأسها بوكو حرام، وتنامي الفكر القاعدي في شمال أفريقيا ودول جنوب الصحراء إبان فترة إقامة زعيمها أسامة بن لادن في السودان من عام 1991م حتى عام 1996م، والتي نُسب إليها الهجوم على السفارتين الأمريكيتين في نيروبي ودار السلام عام 1998م.