وتعزو منظمة الصحة العالمية ضعف القطاع الصحي في نيجيريا إلى غياب التنسيق بين مؤسسات الصحة الحكومية، وتراجع الواقع المالي للمشافي الخاصة، وهو مادفعها إلى تقديم خدمات ضعيفة، وغياب التخطيط الحكومي للنهوض بواقع الصحة في البلاد.
وتفتقر المناطق النائية شمال نيجيريا ومناطق الغابات في الجنوب إلى المرافق الصحية اللازمة، وبحسب إحصاء العام 2014 بلغت نسبة انتشار الإيدز بين البالغين 3.17 بالمئة، كما أن هناك حالات مسجلة من مرض الملاريا في هذه المناطق.