كانت للحاج ملاّ باقر الشوشتري مكتبة نفيسة أسسها في نحو الثلث الأخيرة من القرن الثالث عشر الهجري وكانت تحتوي على 3000 كتاب، ومعظهما كان من الكتب المخطوطة النادرة التي انفردت هذه المكتبة بالحصول عليها بين المكتبات المعروفة بجمع النادر الفريد، ومن أهم هذه الكتب:1 ـ نسخة من زبور داود يرجع تاريخ خطها إلى أوائل القرن الرابع الهجري.2 ـ نسخة من (شرح الصحيفة السجادية) قديمة.3 ـ نسخة من كتاب (كشف اللثام في شرح شرايع الإسلام) للفاضل الهندي، وهي بخطه.وان أغلب هذه المكتبة قد انتقلت بعد ذلك من النجف إلى بمبي وقد تلفت، بسبب الرطوبة وانعدمت من الوجود على ما نقلوا(كتابخانهاي ايران ـ بالفارسية ـ لعبدالعزيز الجواهري ص 105.).