في 5 سبتمبر 2012، قام مسؤولون بإقتحام منزل حسن لمحاولة توقيفه، ولكنه لم يكن موجوداً في المنزل في ذلك الوقت. طلبت والدة حسن من الضباط الكشف عن مذكرة التوقيف، ولكنهم قالوا فقط أن إسم حسن وارد في لائحة المطلوبين ورفضوا تزويدها بالمذكرة.
بعد أن تم ملاحقته لأكثر من سنة، تم توقيف حسن للمرة الأولى في 23 سبتمبر 2013 أثناء وجوده في سيارة مع أحد اقربائه دون مذكرة أو سبب. نقل حسن إلى مركز شرطة سماهيج حيث قام مسؤولون بتعذيبه من خلال حرق باطن قدميه وفخذيه، وضربه على رأسه، بطنه، “ومناطق حساسة” في جسمه. بعد يومين من توقيفه، نقله مسؤولون إلى مركز شرطة الحد، حيث تم استجوابه لمدة أسبوع. سمح له المسؤولون بعدها بالإتصال بعائلته للمرة الأولى.
وفي تاريخ مجهول، إتهم حسن بالتجمع غير القانوني والحريق المتعمد. حكمت عليه المحكمة البحرينية بالسجن لمدة بلغ مجموعها تسع سنوات ونصف وغرامة قدرها 200 دينار بحريني. تم منع حسن من الإتصال بمحاميه ولم يكن لديه الوقت الكافي او التسهيلات للتحضير لمحاكمته. بعد ادانته، نقل حسن إلى سجن جو.
في 10 مارس 2015، اندلعت أعمال شغب في السجن نتيجة لمنع عائلة من زيارة أحد السجناء. على سبيل الإنتقام، قرابة الساعة 10 مساءً، هاجمت مجموعة من حراس السجن على مجموعة من المحتجزين، بمن فيهم حسن. قام الضباط بتعذيب حسن والمعتقلين الآخرين، حلق شعرهم قسراً، ومنعهم من الدخول إلى الحمام. في مايو 2015، نقل مسؤولون حسن إلى مركز إحتجاز الحوض الجاف الجديد، وهو قسم من سجن جو مخصص للسجناء دون 21 عاماً.
في 3 يونيو 2016، بعد حوالي ثلاث سنوات من توقيفه، هرب حسن وبعض السجناء من مركز إحتجاز الحوض الجاف الجديد. في اليوم ذاته، إقتحمت السلطات منزله بينما كانت تبحث عنه. عادت السلطات مرات عدة بحثاً عن حسن، ولكنه ظل مختبئاً لحوالي سنتين.
في 23 يناير 2018، اقتحم ضباط بلباس مدني منزل جد حسن عنوة، وأخذوه إلى مديرية التحقيقات الجنائية. تم إتهام حسن بالهروب من السجن، الاختباء تلافياً للإعتقال، وبسبب مشاركته المزعومة في قضية “حزب الله البحريني”. إتصل الضباط بعائلة حسن بعد يومين لتبليغهم بتوقيفه ولإخبارهم بأنه “بخير”.
إستجوب مسؤولون حسن في مديرية التحقيقات الجنائية لمدة 45 يوماً وعذبوه لإكراهه على الإعتراف. في نهاية المطاف، إعترف حسن بالتهم الموجهة إليه وتم إستخدام اعترافه ضده خلال المحاكمة. لم يسمح لمحاميه بالحضور أثناء استجوابه. بعد إحتجاز حسن في مديرية التحقيقات الجنائية لمدة 45 يوما، تم نقله إلى مبنى العزل في سجن جو.
حكمت المحكمة البحرينية عليه بالسجن لفترة بلغ مجموعها 23 سنة، غرامة قدرها 100,000 دينار بحريني، وأسقطت جنسيته. حرم حسن من إمكانية الإتصال بمحاميه ولم يعط الوقت الكافي للتحضير لمحاكمته. رفضت المحكمة جميع إستئنافاته وأيدت اداناته. في 21 ابريل 2019، تم إعادة جنسية حسن بأمر ملكي.
في 15 أغسطس 2019، إنضم حسن إلى محتجزين آخرين في مبنى العزل في إضراب عن الطعام للإحتجاج على ظروف السجن السيئة. طالبوا بإخراجهم من مبنى العزل، السماح لهم بممارسة شعائرهم الدينية، وأن يتم إزالة القيود المفروضة على مكالماتهم الهاتفية. إستمر الإضراب حتى الأسبوع الأول من سبتمبر حتى وعدت إدارة السجن بتحقيق مطالبهم. إلا أنه بعد التوقف عن الإضراب، رفضت الإدارة الإلتزام بوعودها. لا يزال حسن مسجوناً في مبنى العزل في سجن جو.
معاملة الحكومة البحرينية لحسن تشكل إنتهاكاً لإلتزامات البحرين بحقوق الإنسان الدولية بموجب إتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة، بالاضافة الى العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية. تمنع المواد 2 حتى 11 من هذه الإتفاقية التعذيب وسوء المعاملة، وتلزم الدول الأطراف بعدم ممارسة التعذيب والتحقيق مع ومعاقبة مرتكبيه. إستخدام إعترافات حسن المنتزعة بواسطة التعذيب تشكل كذلك الأمر إنتهاكاً للمادة 15 من إتفاقية مناهضة التعذيب وغيره من ضروب المعاملة أو العقوبة القاسية أو اللاإنسانية أو المهينة. بالاضافة الى ذلك، تنص المادة 14 من العهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية على حق كل الافراد بمحاكمة عادلة. ومع ذلك، حكمت السلطات البحرينية على حسن في محاكمة غير عادلة وفق إعتراف بالإكراه.
ودعت منظمة أمريكيون من أجل الديمقراطية وحقوق الإنسان في البحرين البحرين إلى الإلتزام بواجباتها بشأن حقوق الإنسان من خلال إبطال إدانة حسن في ضوء اعترافه القسري والمحاكمة اللاحقة غير العادلة. ندعو كذلك الأمر السلطات البحرينية للتحقيق بصحة ادعاءات علي بتعرضه للتعذيب بهدف محاسبة المرتكبين.