لم يكن النبوغُ العلميّ وعمقُ أفكاره وإحاطتُه ُ بالآراء وقوّة حجته وبيانه وقيادتُه ُ الشجاعة والحكيمة هي كل ما يميِّز شخصيّة المحقّق العظيم الشيخ الآخوند، بل كان إلى جنب ذلك يتمتّع بأخلاق عالية ونزاهة وزهادة وكرم وسماحة وحلم وحياء وأدب جمّ وطمأنينة وشجاعة وصدق وواقعيّة وورع وتقوى ومعرفة بالله وتعشُّق للحق وحبّ للخير، وسائر مكارم الأخلاق التي لم تجتمع إلَّا لدى العظماء والكُمَّل من البشر .
ولعلّ أبرز ما يُجلَّي عظمته في الجانب الأخلاقي والسجايا النفسيّة :
- أنه كان يُحسن بإغداق حتّى على أُولئك الذين يُخالفونه في الرّأي بل حتى الدين يهاجمونه علناً من خصومه ومعارضيه .
- سخاؤه الكبير بحيث إنه قد يُعطي كلّ ما يملك من مال ، ولا يستبقي لنفسه شروى نقير .
- قلَّة أكله بحيث كان لا يتناول إلَّا لُقيمات خلال وجبتين فقط في اليوم الواحد ، وكذا كان قليل النوم.
- كان مُخالفاً لهواه ، وكان يقول : إنّ تديُّن أبنائي لا يثبت لديّ إلَّا إذا قلَّدوا غيري .
ولعلّ ممّا يكشف عن كرامته عند الله سبحانه الحادث العجيب الَّذي نتلوه :
عندما تُوفِّيت ابنته الوحيدة عام ( 1375 ه ) - أي بعد وفاته قدّس سرّه ب ( 46 ) سنة - وحفروا لها بجنب قبره الشريف، انهدم الجدار الَّذي بين القبرين، فانكشف الجثمان الطاهر للشيخ الآخوند - رضوان الله عليه - فوجدوه غضّاً طريّاً سليماً لم يَبْلَ ولم تأكل الأرض شيئاً من جسده الشريف كأنه مستغرق في نوم عميق لكن من غير نَفَسٍ أو حراك .