بلغت مؤلفات الشيخ البهائي حوالي الخمسين مؤلفاً في التفسير، والحديث، والدراية، الرجال، والأدعية، والفقه، والأصول، والحساب وعلم الهيئة والحكمة والتاريخ والأدب إضافة إلى أجوبة المسائل والكثير من الحواشي وأشعار متعددة بالعربية والفارسية، ومنها: زبدة الأصول.
الوجيزة
حاشية مبادئ الأصول.
حاشية شرح العضدي.
الفوائد الصمدية، في النحو.
الكشكول.
المخلاة.
أسرار البلاغة.
ديوان الأشعار (في العربية والفارسية)
مفتاح الفلاح.