وعلى الرغم من كلِّ الضغوط والتعذيب، إلّا أنَّ جهاز السافاك الرهيب لم يستطع معرفة أسرار تلميذ الإمام قدس سره ولم يتمكّن من الحصول على أيِّ دليل ولو صغير ضدّه، لإتمام ملف المحاكمة وإصدار الحكم ضدّه. لذا وبعد تغيّر سياسة أسيادهم الأميركان ووصول جيمي كارتر إلى سدّة الحكم عام (1975م), اضطرّ السافاك إلى إطلاق سراحه. فعاد إلى مشهد واستمر في جهاده المرير ضد نظام الشاه وأجهزته.

  وكانت المسؤوليّات في هذه المرّة أكبر من السابق، فقد فشل تمامًا الكفاح المسلّح بالأسلوب الّذي تبنّته منظّمة (مجاهدو الشعب), رغم تحذير الإمام عام (1970م) لمبعوث هذه المنظمة إليه، ووقعت انشقاقات في هذه المنظمة وظهرت الأفكار الانحرافيّة والالتقاطيّة.

 وقد أخذ الغرور والعنهجيّة النظام إثر توجيهه ضربات إلى الفدائيّين والشيوعيّين، وأصبحت أكثر القوى المجاهدة في حيرة من أمرها وأخذها الشعور بالشكّ وعدم الثقة بالجماعات الجهاديّة، وأصيب آخرون باليأس والخمول, 

انفصلت القوى الجهاديَّة عن عناصر منظّمة (مجاهدو الشعب) في السجن، فأصبحت وظيفة قادة الجهاد في هذه الأجواء المليئة بالإرهاب والرعب والخيانة والالتقاط واليأس والخمول والشكّ والحيرة، صعبة وحسّاسة جدًّا.

فوجب توعية الجماهير بمجريات الأحداث بالصورة الّتي لا يستغلّها النظام لصالحه، وإرشاد الناس وتشجيعهم, كانا أمرين عظيمين يتطلّبان الكثير من المهارة والحذاقة، وقد تمّ بفضل الله والقيادة الحكيمة للإمام العزيز قدس سره ووعي ودقّة أصحاب الإمام ومن جملتهم سماحة آية الله العظمى السيّد الخامنئيّ، إدارة هذه البرهة الحسّاسة على أحسن وجه ممكن, أي أنَّه تمّ من جهة تنظيم وانتخاب القوى الإسلاميّة الأصيلة، كما تمّ إعداد قوة أقوى بكثير من قبل لمواصلة الجهاد ضدّ الشاه،وذلك بعد أن تمَّ نبذ الأفكار الالتقاطيّة, ومن جهة أخرى، تمّ بيان الهدف الرئيسيّ من الجهاد للمجاهدين وهو إسقاط النظام دون أيّة مواجهة مع (مجاهدو الشعب)، وبدلًا من صرف قواهم لمواجهة هذه العناصر، صرفت في مواجهة العدوّ الرئيسيّ أي نظام الشاه، ومن جهة ثالثة، تمَّ بيان الأفكار الانحرافيّة والالتقاطيّة للمنظّمة بكلّ مهارة ودقّة دون أن يستغلّها النظام لصالحه. وعندما أفاق النظام من غفلته، كان كلُّ شيء قد انتهى, وبلغ الجهاد ذروته في العامين (77- 1978م). وببلوغ الكفاح ذروته وفضح انحرافات منظمة (مجاهدو الشعب) وشعور العلماء وكذا الشعب بلزوم إيجاد خلايا إسلاميّة منظّمة يترأّسها العلماء والمتضلّعين في الفقه والسياسة بدلًا من الأفراد العادييِّن أو السياسييِّن فقط، تمّ إيجاد النواة الأولى لخلايا إسلاميَّة منظَّمة بقيادة الإمام وإشراف العلماء الثورييِّن في مشهد. 

يقول سماحته حول هذه القضيّة: "عقدنا جلسة في عام 1977م مع اثنين من الإخوة وهما المرحوم آية الله ربّاني الأملشي والشيخ الموحدي الكرماني.دار الحديث فيها حول أسباب عدم وجود خلايا منظّمة للمجاهدين خصوصًا بين صفوف العلماء، الّذين كانوا يشكلّون النسبة العليا من المجاهدين. فاقترح إيجاد خلايا منظمة، وقد قيل في تلك الجلسة أنه لو كان السيّد البهشتي معنا في الخلايا، كانت النتائج أفضل".

ومن حسن الصدفة أنّ الشهيد بهشتي والشهيد باهنر كانا بمشهد في تلك الفترة. ولهذا عُقدت جلسة بمشاركتهما، ووضع الحجر الأساس لرابطة العلماء المجاهدين في البلاد. وتعتبر الركائز الأولى للحزب الجمهوريّ الإسلاميّ.

وبُعث خبر هذه الرابطة إلى العلماء في السجون ومن جملتهم الشيخ هاشمي رفسنجاني. وبدورهم أيّد العلماء هذه الفكرة. وعاد الشهيد المطهّري في تلك السنة من النجف حاملًا معه رسالة من الإمام قدس سره يدعو المجاهدين من ذوي السوابق الجهاديّة إلى الاجتماع. وقد أدّت هذه الارتباطات والاتّصالات إلى تنظيم وخروج المسيرات المليونيّة عامي (77 - 1978)، وكان دور سماحة آية الله العظمى الخامنئيّ في تشكيل هذه الرابطة ملفتًا للنظر. يذكر أنَّ السافاك لم يسمح لسماحته بالخروج من البلاد لمدّة عشر سنوات من عام 1965م. 
 
 النفي إلى إيرانشهر
 في خِضمِّ هذه النشاطات وبلوغ الثورة الإسلاميّة ذروتها عام (1977م)، أُعتقل سماحة الإمام الخامنئيّ وبعد احتجازه أيّامًا، حُكم عليه بالنفي إلى إيرانشهر لمدّة ثلاثة سنوات، فنُفي إلى هناك، لكنَّ النفي والمناخ الحارّ لهذه المدينة لم يحطّان من عزيمة رمز الجهاد، بل إنّه استغلّ هذه الفرصة المتاحة له، وسعى إلى توحيد صفوف المجاهدين هناك وكذا توحيد صفوف الشيعة والسنّة، فحقّق نجاحات باهرة في هذا المجال.

وكان له دور بارز في التفاف الناس حول الإمام والعلماء والثورة.

وقد حدث في تلك السنة سيل في المدينة -إيرانشهر- أدّى إلى تدمير البيوت وإلحاق أضرار جسيمة بالأهالي، بالإستعانة بتجاربه السابقة في فردوس وكناباد. جنّد سماحة الإمام الخامنئيّ جمعًا من طلبة العلوم الدينية وشكّل لجنة العلماء للإغاثة.