للنبي حبقوق معجزة في بقاء جسده سالماً بعد مضي 600 عاما من دفنه.
ففي عام 1993م حاول بعض السراق سرقة محتويات قبر النبي لكن ايقاضة رجال الامن حالت دون ذلك فوجدوا ان السراق حفروا من خلف راس النبي؛ وبعد معاينة القبر وجدوا ان الجسد سالما في القبر وقد اطلع على الجثمان امام جمعة و رئيس جامعة و عدد من كبار المدينة. واعلنوا بان كان بالامكان مشاهدة جمجمة النبي و شخصوا اثارا من شرايين السوداء والحمراء.
كما ان النبي حبقوق معروف لدى علماء المسيح واليهود ففي مضمون احتجاج الامام الرضا عليه السلام مع كبير اليهود واساقفة النصارى كان اعتراف وتاكيد على مجيئء النبي الخاتم محمد صلى الله عليه واله وسلم فسالهم الامام عليه السلام هل تعرفون النبي حبقوق وان البشارة جاءت في كتبكم عند جبل حراء وان السماوات ستملئ من تسبيح احمد وأمته فسالهم ثانيا هل تؤمن بذلك فقال نعم قد بشر بذلك النبي حبقوق وليس لي ان انكر ذلك.