وتولى خليفة به زايد آل نهيان الرئاسة في نوفمبر الفين واربعة إثر وفاة والده الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان، مؤسس الامارات. ولم يظهر خليفة بن زايد علنا منذ الإعلان عن خضوعه لعملية جراحية إثر إصابته بجلطة في الفين واربعة عشر إلا مرات نادرة. ومنذ ذلك الحين استمر خليفة بن زايد في إصدار المراسيم موكلا الأمور إلى أخيه غير الشقيق، الشيخ محمد بن زايد، ولي عهد أبو ظبي.
ونقلت وكالة "وام" عن وزارة شؤون الرئاسة، الاعلان عن الحداد الرسمي في البلاد وتنكيس الأعلام على الشيخ خليفة لمدة 40 يوما اعتبارا من اليوم، وتعطيل العمل في الوزارات والدوائر والمؤسسات الاتحادية والمحلية والقطاع الخاص 3 أيام.