ورغم نكهة الطماطم الشهية والمحببة للملايين حول العالم إلا أن الدراسات أشارت إلى وجود بعض البشر يحظر عليهم تناول الطماطم لكونها تشكل خطرا كبيرا على صحتهم. وهم: من يعانون من وجود حصوات بالكلى، والذين يعانون من أمراض بالمعدة، والمصابون بالتهاب وقرحة المعدة.
يرجع السبب في منع هؤلاء من تناول الطماطم إلى أنها تحتوي على كمية كبيرة من الأحماض العضوية، ويُنصح من يعاني من هذه الأمراض بضرورة تناول مشتقات الطماطم مثل الكاتشب ومعجون الطماطم.
كما تحتوي الطماطم على محتويات حمضية دهنية زائدة، والتي تسبب الإسهال ويمكن أن يؤدي مكون يسمى "السالمونيلا" الموجود في الطماطم إلى اضطراب في المعدة بسبب الاستهلاك المفرط.
يذكر أن الطماطم المعالجة حراريا تعد أكثر فائدة من تلك الطازجة، لذا قبل استخدامها ينصح بأن تطبخ لفترة قصيرة على نار خفيفة.