ويعتبر قائد الثورة الإسلامية سماحة الإمام الخامنئي (دام ظله) أكبر واقف لهذا المركز من خلال وقفه لأكثر من 20 ألف مخطوطة مما أهدي لسماحته من قبل المواطنين والشخصيات المعروفة. كما يضم المركز مقتنيات ثمينة فريدة من نوعها من المخطوطات والملازم الخطية تظهر من خلال تواريخ وقفها قدمة هذه المكتبة العريقة، ومن تلك المقتنيات تجدر الإشارة لملمزمة كشواد بن أملاس القرآنية والتي تعود للعام 327 هجري، وتعتبر من المقتنيات الفريدة في المركز. بالإضافة لأكثر من 100 ألف مخطوطة ذات ملفات رقمية .
