وتذرع المجلس السيادي في قراره بإغلاق مقر منظمة الدعوة الإسلامية بالعاصمة الخرطوم، بكون مقرها "شهد تسجيل البيان الأول لانقلاب الرئيس المعزول عمر البشير قبل استلامه السلطة في 1989".
 
ومنظمة الدعوة الإسلامية تأسست العام 1980، كمنظمة عالمية إنسانية طوعية غير ربحية ومستقلة، ومن أهدافها نشر الإسلام، وترسيخ قيم التسامح والتعايش، إلى جانب دعم وإغاثة المحتاجين، وتشجيع المبادرات المحلية في التنمية والبناء.

وتقدم المنظمة التي تتخذ من الخرطوم مقرا لها، خدماتها الإنسانية والطوعية عبر مكاتبها المنتشرة في 41 دولة إفريقية.

وقالت المنظمة في تعليقها على قرار حظرها بأنها "تدرك أن دولة المقر يحق لها التحلل من اتفاق المقر، والطلب من المنظمة مغادرة السودان والبحث عن مقر بديل، لكن يجب أن يتم ذلك وفق أعراف دبلوماسية معروفة تسمح للمنظمة بالتصرف في أصولها وممتلكاتها".

وأعربت شخصيات عن استهجانها للقرار السوداني، بإغلاق مقر المنظمة، وأشار عدد منهم إلى وجود "استهداف لكل ما هو إسلامي، حتى لو كان العمل الخيري لمساعدة المحتاجين".