من المعروف أن الامام الخامنئي هو من الاشخاص الذين مدحوا و يمدحون السيد السيستاني في اوقات و مناسبات و لقاءات مختلفة . فمن الأقوال التي نقلت عنه في السيد السيستاني:

-إعرفوا قيمة آية الله السيد السيستاني جيّداً واستمعوا إلى نصائح سماحته.

-باختصار .....هو رمز يهتدى به ، وعمامة يحتمى بها ، وهو قبل كل ذلك ليس حكرا لقوم ولا لطائفة ولا لشعب بل هو ذخيرة الامة .

-حكيم ، صموت ، لا ينطق الا عند الملمات ، واذا نطق لا ينحاز ، ولا يتطرف ولا يتخندق ولا يجرح ، ينصح ولا يفرض ، يوحي ولا يأمر ، يلمح ولا يقرر ، وهو بوصلة تهدي الملايين الى حيث يجب ان يتحركوا ويسيروا ويتجهوا ، يضبط ايقاع العراق من غير ان يتصدر منه ايعاز بذلك....

-و كان سماحته في موضع آخرقد وصف فتوى الجهاد الكفائي التي اصدرتها مرجعية النجف بـ"الإلهام الآلهي".

المصدر:مواقع مختلفة-بتصرف