وأصر الطلاب على تقديم شكوى إلى مسؤولي التربية والتعليم للتحقيق في الواقعة.

وعلى الفور قام محمد حسام، وكيل وزارة التربية والتعليم في مصر، بفتح تحقيق موسع مع موجهي الدراسات الاجتماعية وتبين أن واضع الامتحان موجه مسؤول عن إدارة بني سويف التعليمية، وقام بوضع الامتحان لسبع مدارس يقوم بالإشراف عليها، ويدعى "خ.م.ع"، الذي أوضح من خلال التحقيقات معه، قائلا إن "موقفي سليم، ووضع خطًا بالقلم الجاف عند خط 22، ليظهر أن حلايب وشلاتين داخل حدود مصر، ولكن للأسف لم يظهر ذلك عند تصوير ورقة الأسئلة".

وأكدت التحقيقات أن واضع الامتحان جاء بخريطة صماء تضع حلايب وشلاتين داخل حدود السودان، وأن خريطة مصر وحدودها الطبيعية والسياسية تدرّس للطلاب من الصف الرابع الابتدائي، ويتم التركيز على خط 22 في الجنوب والبحر الأحمر، وحدود سيناء في الشرق والحدود الغربية والبحر المتوسط شمالا.

وقال محمد حسام الدين، وكيل وزارة التربية والتعليم ببني سويف، إن التحقيق انتهى بإدانة موجه الجغرافيا الذي وضع الخريطة، بخصم 3 أيام من راتبه، وسيتم عرض الموقف على لجنة أخرى لترى المدة المقررة لحرمانه من أعمال الامتحانات، لأنه المسؤول الأول والأخير عن ورقة الامتحان، وإعادة مراجعتها بعد تصويرها.

من جانب آخر تجري جهات رقابية تحقيقات حول تلك الواقعة التي تمس الأمن القومي المصري، فيما تفحص أجهزة أمنية علاقة واضع الامتحان بجماعة الإخوان المسلمين، وقد أكد مصدر أمني أنه لم يثبت وجود أي علاقة لموجه الجغرافيا بأي جماعات أو تنظيمات تابعة لجماعة الإخوان، وأن واضع الامتحان يرجع لقرية الحلابية، أما الأمور الفنية بالامتحان فهي تخص مسؤولي التعليم.